Nenthé significa en lengua otomí "junto al agua" o "junto al río" y, en efecto, la capilla se encontraba en la ribera de un arroyo, en la parte más baja del poblado. Cuenta la tradición que, en efecto, varias familias de apellido Ramírez que moraban en la vecindad de este templo y tenían por oficio el de canteros fueron quienes lo levantaron a principios del siglo XVIII. Otras leyendas hablan de la aparición del Santo Cristo que se venera en el santuario junto a un manantial, oculto por la hojarasca de los encinos, y es conocida su intercesión en caso de sequías. Otra leyenda vincula al cristo con la salvación de un soldado insurgente que buscó refugio en la capilla tras la desbandada que provocó Calleja en las tropas de Miguel Hidalgo el 7 de noviembre de 1810.
La capilla primitiva tenía una planta muy sencilla, rectangular, con la fachada orientada hacia el sureste. En el interior, un arco dividía la nave del presbiterio, que se elevaba por lo menos cinco gradas más alto. La cubierta era de techo plano de viguería y terrado, que se elevaba un poco sobre el presbiterio. La fachada mostraba una retícula parecida a la de la parroquia de San Jerónimo Aculco, pero sin la profusión de labrados que caracterizan a ésta. Los paramentos lisos de las entrecalles, sin embargo, podrían haber ocultado hornacinas u algún tipo de labores de cantera como sucedía con la parroquia hasta que fueron descubiertos en los años 50.
Nadie sabe a ciencia cierta por qué se arruinó la capilla. Algunos afirman que tuvo que ver la persecución religiosa de 1926-1929 o el caciquismo de los años 30. Quizá simplemente fue la desidia, como muestran los escurrimientos de agua y humedades en el presbiterio de la foto que aparece aquí. Lo cierto es que en 1943 se decidió su demolición y la construcción de un nuevo edificio a costa de don Mateo y don Ignacio Espinosa. El resultado fue una capilla que mezcla las tendencias arquitectónicas modernas de la época, como los arcos parabólicos de su nave, con un tratamiento tradicional de la planta en forma de cruz latina y detalles decorativos pseudogóticos. Nada que valiera más - por auténtica y original - que la antigua capilla.

La vieja capilla de Nenthé cuando comenzaba a ser demolida, en 1943. Nótese la semejanza, aunque en un estilo más austero, con la fachada de la parroquia de Aculco. Los campanarios parecen haber sido posteriores al resto de la edificación.

Interior de la capilla de Nenthé. Al parecer, data de los primeros momentos de su abandono pues la cubierta del ábside para ya haber caído, pero todavía se observan en la nave el púlpito y otros muebles.

La nueva capilla de Nenthé, recién consagrada. Todavía se observan en la torre los andamios utilizados para subir las campanas. Nótese la entrada con arco parabólico en la base de la torre.

La capilla de Nenthé, a principios de los años sesenta. Se advierte que en el terreno aledaño aún se sembraba maíz, pues la capilla se levantaba justo a la orilla del pueblo.
Este es el aspecto que guarda actualmente el Santuario Privilegiado del Señor de Nenthé. No guarda relación alguna con lo que existió. Nótese que, por razones inexplicables, la torre comenzó a ser chapeada con mampostería de cantera rosa, pero la obra quedó inconclusa. Fue suficiente para cubrir la entrada que tenía la torre hacia el atrio.
Vista de la nave de la nueva capilla.

Así lucía la parte posterior de la nueva capilla de Nenthé pocos años después de su construcción, cuando estaba todavía a orillas de Aculco, cuya parroquia puede verse al fondo.

Esta es la lápida recuperada de la vieja capilla que hoy se halla en uno de los contrafuertes del nuevo santuario. En el tablero derecho, sobre unas flores, se lee "hecho de mano y cincel de Felipe Ramírez". A la izquierda, una oración ya casi ilegible que comienza con las palabras "la sangre del Redentor" y que concluye con lo que quizá fue una fecha, ya que se distingue la palabra "(J)ulio". Sobre esta lápida, se perciben los restos de un relieve en el que destacan una columna, un cortinaje y un árbol.