Como el resto de los altares que adornan la parroquia de San Jerónimo Aculco, el altar mayor que existió hasta la década de 1950 era de estilo neoclásico. Muy probablemente databa de entre 1843 y 1848, cuando se hicieron reformas importantes al interior de la nave y se construyó la cúpula del templo.
Este altar, en forma de baldaquino o "ciprés", se levantaba sobre una base exagonal de cuatro gradas en la que se apoyaban seis columnas jónicas con róleos a 45 grados y fuste tritóstilo (es decir, decorado en su tercio más bajo), que rodeaban el manifestador. Sobre ellas, un entablamento circular completo con dentículos y adornos vegetales en el friso sostenía la cúpula, de escaso vuelo, en cuya cima se encontraba colocada la imagen de San Jerónimo y tras él una ráfaga de madera dorada.
En el muro testero, la decoración pictórica en trampantojos simulaba una estructura arquitectónica formada por cuatro columnas apareadas jónicas con fuste estriado, que sostenían sendos frontones triangulares. Tras ellos, un ático corrido sostenía un par de pebeteros también pictóricos, lo mismo que una hornacina que remataba la composición. Aunque aquí ya no aparece, sobre la hornacina se hallaba colocado un Cristo en la cruz que en tiempos recientes ha sido ubicado en el mismo sitio.
Lamentablemente, los frailes agustinos que administraron la parroquia entre 1951 y 1964 decidieron retirar este altar, debido a que se encontraba deteriorado e incluso los ratones entraban al sagrario. Pudo haberse reparado, pero los padres decidieron dejar el ábside vacío. Con mediana fortuna, en 1959, en ocasión de los 200 años de la erección de la parroquia, la señora Suárez viuda de Ocañas donó un nuevo altar elaborado por la casa "El Arte Católico", que es el que actualmente puede verse en el templo.
De aquel otro altar neoclásico, añorado todavía por los que lo conocieron y por quienes lo han visto en fotografías, no quedó más que la escultura de San Jerónimo.